統計学1

Quarto文書の書き方

作者

矢内　勇生

公開

2023年4月9日

準備

tidyverse パッケージを読み込む。パッケージのインストールは一度すれば済むが、library() を使ったパッケージの読み込みは、Rを起動するたびに行う必要がある。

library(tidyverse)

## 図のなかで日本語を使えるようにする
## フォントの設定はお好みで
## （Unix/Linux ではIPAexフォントのインストールが必要かも）
library(fontregisterer)
if (.Platform$OS.type == "windows") { # Windows
  my_font <- "Yu Gothic"
} else if (capabilities("aqua")) { # macOS
  my_font <- "Hiragino Sans"
} else { # Unix/Linux
  my_font <- "IPAexGothic"
}
theme_set(theme_gray(base_size = 9,
                     base_family = my_font))

Quarto文書の書き方・使い方

Quarto文書 (quarto-basics.qmd) とそのファイルを元に生成されたPDFファイル（PDFを開いているならそのファイル）(quarto-basics.pdf)と htmlファイル（インターネットブラウザで読んでいるならそのファイル）(quarto-basics.html) を見比べながら、RStudioでQuarto文書（.qmdファイル）を扱えるようにするのが今回の目標である。

この資料と同じ画像を表示するためには、画像ファイルも同じフォルダに保存する必要がある。自分でもっている画像（写真）に置き換えて試してほしい。

マークダウン記法を利用した文章の書き方

文章は、いつもどおり書けばよい。文章の一部をイタリック（斜字体）にしたいときは、イタリックにしたい部分を * または _ で挟むと、this is italic あるいは this is also italic となる（日本語は斜字体にしない）。太字は、**（*を2つ）または __（_ を2つ）で挟むと、ここが太字 または ここも太字 となる。太字のイタリックは、*** （*を3つ）または ___（_を3つ）で挟むと、here is bold italic または here is also bold italic となる。

改行するときは、文章の間を1行以上空ける。

箇条書きは、* または _ を利用し、

項目1
項目2
- 項目2-1
- 項目2-2

あるいは、

項目1
- 項目1-1
- 項目1-2
項目2

のようにできる。* や - の後には半角スペースを挿入する。箇条書きを入れ子にするとき、字下げは Tab で行う

番号付きの箇条書きは、数字で作れる。

First item
Second item
1. What?
2. How?
Third item

のようにする。入力する際にすべて「1.」にしても、自動的に1, 2, 3, … とうい番号が割り当てられる。全部1にしておくと、後から項目の並べ替えができるので楽である。（1でなくても並べ替えられるが、数字の意味が不明になる。）

ヘディング (heading) は、“#” （ハッシュ記号）で作れる。論文・レポートを書くときは、ヘディングを利用して文章を構造化する。 # の数が少ないほど、上位のヘディングになる。Rコードのコメントと同じ記号だが、その役割はまったく異なるので誤解しなように注意されたい。

例を以下に示す。

ハッシュ1つのヘディング

ハッシュ2つのヘディング

ハッシュ3つのヘディング

ハッシュ4つのヘディング

論文・レポートでは、以下のようにヘディングを使い分ける。

#: 節（セクション, section）
##: 小節 (subsection)
###: 小節以下の見出し (subsubsection)
####: （あまり使わない）

また、リンクを貼ることもできる：矢内のウェブサイト。

画像も貼れる：いらすとやの猫

（出典：いらすとや）

画像へのパス (path) が通っていないと表示されないので注意。

HTMLに出力する場合は、HTMLを直接書くこともできる（PDFに出力する場合はうまくいかない）。

リンクを貼る：矢内のウェブサイト
画像を貼る：

$\ast$ 数式の書き方

LaTeX と同じように数式を書くこともできる。文章中と同じ行に数式を書きたいときは、$で挟む。たとえば、$\bar{x} = \sum_{i=1}^n x_i / n$ と、する。

数式を独立したブロックとして書きたいときは、$$で挟み、 \[ \sigma^2 = \frac{\sum_{i=1}^n (x_i - \mu)^2}{n} \] のようにする。

コードチャンクの書き方

Rのコードは、コードチャンクと呼ばれる部分に書き込む。コードチャンクは、たとえば以下のように書ける。

a <- 1:10
b <- -1:-10

Rコードチャンクの始めには、3つの「`」の後に{r}をつける。 rとスペースの後（{}の中）には、チャンクの名前を付ける。好きな名前を付けてよいが、他のチャンクとまったく同じ名前は付けられない（つまり、各チャンクが異なる名前をもつ必要がある）。チャンクの終わりには3つの「`」を書く。 RStudioで開いた.qmdファイル内でコードチャンクを作るには、次のショートカットキーを使った方がよい。

macOS: command + option + I または control + option + I
Windows: Ctrl + Alt + I

I は Insert （チャンクを「挿入する」）の頭文字である。

文章中にRコードを書きたいときは mean(x) のように、Rのコマンドを`の間に書く。関数を実行（評価, evaluate）した後の結果を文章中に入れたいときは、「$a$ の平均値は ` r mean(a) ` です」のように “r” を入れて書くと、「$a$ の平均値は5.5 です」となる。つまり、mean(a) というコマンドをRが実行し、その結果を文章の中に入れてくれる。この方法を使えば、文章と別にRのコマンドを実行しなくても、Rの実行結果を表示することができる。

図を含めた文章も作れる。チャンクオプション fig.cap で図のキャプションが指定できる。チャンクオプションは、チャンクの冒頭に #| という記号を使って書き加える。

p <- tibble(x = rnorm(100, mean = 0, sd = 1)) %>% 
  ggplot(aes(x = x)) + 
  geom_histogram(binwidth = 1, color = "black", fill = "tomato") +
  labs(y = "度数", title = "ヒストグラム")
plot(p)

何もオプションを指定しない状態では、チャンクは1行ずつ評価され、結果も順番に次々出力される。たとえば、

sd(a)

[1] 3.02765

var(a)

[1] 9.166667

チャンクの最後まで評価してからまとめて結果表示したいときは、チャンクオプションresults を"hold"にする。

sd(a)
var(a)

[1] 3.02765
[1] 9.166667

となる。

チャンクオプションを含め、Quarto についてのもう少し詳しい説明は、『私たちのR』の「Quarto入門」を参照。

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